Die meisten Ovarialzysten sind harmlos und bedürfen keiner Therapie, da sie oft symptomlos sind und sich meist selbst zurückbilden. Sie können durch ein Hormonungleichgewicht auftreten, aber auch infolge der normalen zyklischen Veränderungen am Eierstock aus einem Eibläschen oder aus dem Gelbkörper nach dem Eisprung, falls sich dieser nicht zurückbildet. Bei Stieldrehung oder Aufplatzen setzten akut Schmerzen ein und bedürfen einer sofortigen Therapie. Anders verhält es sich nach der Abänderung: Hier sollten keine Zysten mehr entstehen. Deshalb bedürfen sie fast immer einer Abklärung, da auch einmal etwas Bösartiges dahinter stecken könnte.
Weiter gibt es auch Schokoladenzysten bei Endometriose. Das eingedickte, alte Blut erinnert an flüssige Schokolade, deshalb der Name. Diese sollten auch behandelt werden, falls sie symptomlos sind, v.a. auch bei unerfülltem Kinderwunsch. Dermoidzysten sind eine Art angeborene Zysten, welche daher auch schon im jungne Alter auftreten und Beschwerden machen oder wachsen können. Diese sind jedoch allermeistens gutartig.
Eine Ultraschalluntersuchung ist meist klärend. So kann man entscheiden, ob man zuwarten darf, eine Hormonbehandlung versuchen sollte oder ob die Zyste per Bauchspiegelung entfernt werden sollte.